Την επόμενη χρονιά (1996-97, 14η θέση στην Β’ Εθνική) τα ”λιοντάρια” δεν ικανοποιούν και πάλι με την απόδοσή τους, αλλά, καταφέρνουν να παραμείνουν στην κατηγορία.Ακολουθούν καλύτερες πορείες και μέχρι τα τέλη της δεκαετίας ο Πανσερραϊκός καταλαμβάνει υψηλές θέσεις χωρίς,όμως, να φτάνει στην επιστροφή στην Α’ Εθνική.
Ιστορία Πανσερραϊκού
ΔΕΚΑΕΤΙΑ ’90
Η δεκαετία του ’90 είναι η ”μαύρη” δεκαετία στην μέχρι τώρα ιστορία του Πανσερραϊκού.Το 1992 τα ”λιοντάρια” τερματίζουν στην 17η θέση της Α’ Εθνικής και υποβιβάζονται μετά από τρεις συνεχόμενες παρουσίες στην πρώτη κατηγορία.
Δυστυχώς, αυτή η απογοήτευση δεν θα είναι η μεγαλύτερη για τους οπαδούς της ομάδας, καθώς την αμέσως επόμενη αγωνιστική περίοδο ο Πανσερραϊκός γνωρίζει νέο υποβιβασμό (1992-93, 16η θέση στην Β’ Εθνική) κάτι που σήμαινε πως η αγαπημένη μας ομάδα θα αγωνιζόταν για πρώτη φορά στην ιστορία της στην Γ’ Εθνική και ενώ μέχρι τότε δεν είχε απουσιάσει κανένα ημερολογιακό έτος από την κορυφαία κατηγορία.
Πράγματι, η ομάδα έπαιξε στην Γ’ Εθνική της περιόδου 1993-94, κερδίζοντας το πρωτάθλημα του βορείου ομίλου και επιστρέφοντας άμεσα στην Β’ Εθνική.Την σεζόν 1994-95 οι ερυθρόλευκοι πραγματοποιούν μία ακόμα τραγική χρονιά στην δεύτερη κατηγορία και γνωρίζουν εκ νέου την πίκρα του υποβιβασμού, καταλαμβάνοντας και πάλι την 16η θέση.
Η περίοδος 1995-96 ήταν η δεύτερη και τελευταία σεζόν στην οποία ο Πανσερραϊκός συμμετείχε στην Γ’ Εθνική.Η ομάδα κέρδισε και πάλι την άνοδο ισοβαθμώντας στην κορυφή με την Νίκη Βόλου (από 67 βαθμούς, τυπικά πρωταθλητές οι Βολιώτες) και έχοντας διαφορά 7 βαθμών από τον Απόλλων Λάρισας.
Στα τέλη της δεκαετίας του ’90 και στις αρχές της επόμενης δεκαετίας πέρασε από την ομάδα μας ένας από τους μεγαλύτερους σκόρερ της, ο οποίος έγραψε την δική του ιστορία.Ο Βραζιλιάνος Αντεμάρ Ροντρίγκεζ φόρεσε για 2,5 χρόνια την φανέλα του Πανσερραϊκού (την περίοδο 1997-98 και από τα μέσα της περιόδου 1999-00 μέχρι το 2001) και κατάφερε να πετύχει 42 γκολ στην Β’ Εθνική.